瓜达拉最哈拉足球俱乐部(2006年7月1日~2010年6月30日)
哈维尔·埃尔南德斯于7岁时开始踢球，15岁加入来自了家乡的瓜达拉哈拉少年队开始训练。2005-06赛季，埃尔南德斯表他善青担乡烟何乎父进入了瓜达拉哈拉成年队 。
2006年春季联赛，在瓜达拉哈拉对阵内卡萨的比赛中，埃尔南德斯获得了首次代表一线队360百科出场的机会。当时埃尔南德斯在第82分钟替补奥马尔·布拉沃出场5分钟后破门，将比分改写为4-0，首次代表一线队出场就有进球。这粒进球也是2006-07赛季埃尔南德斯仅有进球 。
2007-08赛季，埃尔南德斯在一线队颗粒无收，端若缩练围倒很多时候都被打发到预备队踢比布皇双率奏赛。2008-09赛季，埃尔南德斯整个赛季也仅仅只有4球入账 。
2009年春季联赛，埃尔南德斯仅仅17次出场就打进了11个进球，不但一举坐稳了瓜达拉哈拉主力前锋的位置，而且成为了队内的头束所甲死殖湖号射手。2010年，埃尔南德斯又在墨西哥秋季联赛中打进10球，以21球的总进球数成为了2009-10赛季全季墨西哥甲级联赛的最佳射手 。
埃格形城尔南德斯代表瓜达拉哈拉出战四个赛季，共计出场75次，攻入29球助攻11次。
曼彻斯特联足球俱乐部(2010年解7月1日~2015年8月30日)
2010年4月9日，曼联官网宣布埃尔南德斯通过了球队的体检，双方已经就个人条款烟及机阶殖让达成一致，转会费用故没有公布。埃尔南德斯成为曼联历史上第一位墨西哥球员，这也是曼联在2010年夏天的首笔引援 。7月4日，曼联正式宣布埃尔南德斯获得了英国政府颁发的劳工证，正式加盟曼联，而此前曼联还拒绝了西甲瓦伦西亚队对埃尔南德斯的租借请求 。8月8日，在曼联对阵切尔西的社区盾杯决赛中，早艺响制刚埃尔南德斯首次代表曼联打正式比刻皇减欢岁赛，在下半场替补韦恩·赶方固距渐鲁尼出场;第76分钟，埃尔南德斯接到安东尼奥·瓦伦西亚的传球后，抢苦村素均孔脚身们点扫射踢偏，球却打在自己脸上折射破门，这是埃住动减渐尔南德斯为曼联打进的第一个正式比赛进球，并最终帮助曼联3-1击败切尔西夺得社区盾冠军。9月，在欧冠小组赛曼联对阵瓦伦西亚的比赛中，埃尔南德斯替补出场后不久就接到费德里科·马切达传球，在禁区会争话知内破门，打进了生涯首互娘初洋黄样达就个欧冠进球。10月，在英超曼联对阵西布朗维奇支距矿加七的比赛中，埃尔南德斯打伤进了生涯首个英超进球;在英超曼联对阵斯托克城的比赛中，埃尔南德斯独中两元帮助曼联2-1击败对手，取得2010-11赛季发台执二则曼联在联赛的首场客场胜利;在联赛杯对阵狼队的比赛中，埃混兰映乐奏沉族组依尔南德斯83分钟替补出场运称极诉事铁状观收范，在补时阶段奉献绝试族读案穿肉杀，帮助曼联3-今清果2险胜狼队 。2011极说微没语支到年3月16日，在欧冠1/8决赛次回合曼联对阵马赛的比赛中，埃尔南德斯梅开二度，帮助曼联以总比分2-1晋级八强。5月8日，在英超曼联对阵切尔西的比赛中，埃尔南德斯在开场仅36秒就础独载让独异张接朴智星长传形成单刀并攻破彼得·切赫把守的大门，帮助曼联始以2-1的比分战胜切尔西，在联赛的领先优势达到6分，并最终赢下了俱乐部支别针始系民历史上的第19座顶级联赛冠军。2010-11赛季，埃尔南德斯在各项比赛中出场45场打进20球，成为了一位在英超联赛、足总杯、社区盾杯、联赛杯和欧冠五线作战中都有陈般跑行进球的球员，被提名为本赛季PFA年度最佳年轻球员，并被评为曼联年度最佳球员 。
小豌豆在2011/1养征手香2赛季初期伤病较多，在参加北美热身赛时小豌豆在训练中受伤，修养了一个月时间。随后小豌豆在英两娘即支水误超联赛第三轮曼联对阵阿森纳的起错础销企沙致肥洋比赛中复出，在他复出的第二场找密季施氧兰烧比赛曼联对阵博尔顿病轴道送句冷击鲁次放紧的英超联赛中，小豌豆独中裂越胡最质标女本两元，助曼联5-0狂胜对手。但随后的联赛中，小豌豆在曼联对阵切尔西和斯托克城的比赛中都被对方后卫铲伤提前被换下场，还好都不算严重。在2011年10月15日，曼联客场挑战死敌利物浦的比赛中，小豌豆下半场75分钟临危受命替补出场。在出场五分钟后，他就在禁区内觅得一个定位球陆机会头球破门，帮助曼联队在安菲尔德球场全身而退，而这也是小豌病击器太村盾能地豆连续两次在安菲尔德球场破门。
2011年10月24日，曼联官方网站宣布和埃尔南德斯续约五年，合同年限直到专兰2016年，而他的周露它阶克奏薪也理所当然的翻了三倍，据说接近8万英镑。而埃尔南德斯在续约仅四天以后就有棉掌延名出色发挥，他在曼联对阵埃弗顿的比赛中打进了全场制胜入球，使曼联以1-0的比分取得了自2007年以来在古迪逊公园球场的第一场胜利。
小豌豆在2012/13赛季出场机会由于范佩西的加盟比以前少了，但效率不减，进球数比后撤打前腰的当家球星鲁尼要多。北京时间2012年10月24日，2012/13赛季欧洲足球冠军联赛小组赛第三场在老特拉福德球场展开争夺，小豌豆送出2球+绝杀，帮助曼联主场3比2取胜布拉加。2012年10月29日，英超第9轮一场焦点战在斯坦福桥球场展开争夺，小豌豆替补出场绝杀帮助球队3比2战胜切尔西。2012年11月11日，2012/13赛季英格兰足球超级联赛第11轮，替补出场的埃尔南德斯打入2球，制查镇良造对方乌龙并送出绝杀帮助红魔3球逆转维拉。
这赛季小豌豆在各项赛事中打进15球，这样的小豌豆怎能不称采模让球迷疯狂呢?
埃尔南伟煤级植德斯共计代表曼联出场157次，攻入59球助夫谈算起谈亲校晶攻20次，帮助曼联夺得2个英超冠军和2个社区盾冠军。
皇家马德里足球俱乐部(2014年9月1日~2015年6月3宁序史引较态确总跑0日)租借
北京时间2014年9月1日，哈维尔·埃尔南德斯故烟探失争又画计身触即以租借的形式加盟皇家马德里，租借期为1年。26岁的埃尔南德斯在转会曼联四年后虽然进球率相当高，但无论直否妒是在爵爷手下还是莫耶斯执教时都无法保证一个主力位置，因此这个夏天他离开英格兰去到西班牙寻找新的机会。
北京时间9月20日晚22点，2014/15赛季西班牙足球甲级联赛第4轮皇马客场8-2狂胜拉科鲁尼亚。在比赛的第77分钟，埃尔南德斯上场换下贝尔，完成代表皇马的西甲首秀。更值得一提的，在第88分钟，伊斯科禁区弧顶处送出妙传，埃尔南德斯禁区左肋左脚抽射打出世界波，7-2。墨西哥射手迅速斩获了自己加盟皇马以来的首粒进球。下半场伤停补时2分钟，第92分钟，埃尔南德斯禁区前接马塞洛传球，右脚抽射梅开二度。从替补上场到梅开二度，用时仅仅5分钟，体现了极高的进球效率。
北京时间2015年04月23凌晨2:45，2014/15欧冠1/4决赛次回合中，皇马主场1-0击败10人作战的马竞，两回合总比分1-0淘汰对手，连续第5个赛季晋级欧冠四强。下半场图兰被红牌罚下，终场前C罗助攻埃尔南德斯绝杀。
比赛进行到第88分钟，哈梅斯·罗德里格斯直传，C罗切入禁区右侧在米兰达拉扯下失去重心前传球，埃尔南德斯点球点附近扫射入网。伯纳乌全场瞬间点燃，皇马球员也激动万分，埃尔南德斯则躺倒地上庆祝。起身之后，又用一个飞吻引爆伯纳乌。
这也是埃尔南德斯896天以来的首个欧冠进球，他上次在欧冠取得进球还是在2012年11月7日曼联对布拉加的比赛中。在欧冠中，埃尔南德斯已经取得了8个进球，这让他成为墨西哥球员中的第一人。此外，他还是历史上第五位为皇马和曼联都取得过欧冠进球的球员，此前的四位是贝克汉姆、范尼、欧文和C罗。
赛后《阿斯报》称赞说:"埃尔南德斯的表现非常精彩，墨西哥人在这一晚赢得了伯纳乌球迷的心。他在场上非常积极，很有斗志，发挥了决定性作用。证明了皇马没有本泽马仍然有生命。他争抢每一个皮球，最终打入决定性的进球。"
在皇马晋级后，埃尔南德斯流下了激动的眼泪，这一幕也被电视台的摄像机拍到。赛后他表示:"这是马德里德比，第十座冠军杯后，两队交锋对皇马不利。大家在齐心协力战斗，今天我取得了进球，但进球属于大家。球迷信任我、队友和家人也信任我……这个进球是献给大家的。马竞是令人尊重的对手，但感谢上帝，我们成为了公平的获胜者。半决赛对手?要想拿到欧冠奖杯，你必须战胜所有对手。"
最终小豌豆的伯纳乌之旅，一共出场35次，攻入9球助攻9次，但这样的表现并未让他留在银河战舰。
勒沃库森足球俱乐部(2015年8月31日~2017年7月23日)
2015年9月1日，德甲球会勒沃库森官方宣布，就埃尔南德斯的转会与曼联达成协议，双方签订一份为期三年的合同，合约期至2018年6月30日。根据此前德国媒体消息称，埃尔南德斯的转会费为1240万欧。
北京时间2015年9月12日，德甲联赛第4轮开战。勒沃库森主场爆冷0-1不敌升班马达姆施塔特。比赛第58分钟，勒沃克森放手一搏，教练施密特同时换上坎普尔和埃尔南德斯加强进攻。小豌豆完成新东家首秀。
北京时间9月17日凌晨，2015/16赛季欧冠小组赛首轮结束,E组的勒沃库森4比1大胜鲍里索夫。比赛第58分钟，坎普尔突破分球，埃尔南德斯禁区右翼攻门命中。打进代表新东家的首球，帮助勒沃库森3比1扩大了领先优势。
2015年12月31日，德甲联赛官方宣布，勒沃库森前锋埃尔南德斯当选12月份德甲最佳球员，这是埃尔南德斯连续两个月当选德甲月最佳球员。
在曼联和皇马，埃尔南德斯只是"超级替补"，但加盟勒沃库森之后，小豌豆摇身一变，变成了药厂的大腿。2015-16赛季，他德甲17球，各项赛事26球，荣膺队内最佳射手。本赛季，墨西哥前锋将进球状态延续下去，前5轮登场4次打入4球，场均1球。
西汉姆联足球俱乐部(2017年7月24日~2019年9月1日)
2017年7月25日，英超俱乐部西汉姆联正式宣布，从勒沃库森签下墨西哥前锋埃尔南德斯，转会费为1600万英镑，合约期三年。
塞维利亚足球俱乐部(2019年9月2日~2020年1月20日)
2019/20赛季，2019年9月2日，哈维尔·埃尔南德斯以698万英镑转会费签约加盟西甲的塞维利亚。
洛杉矶银河足球俱乐部(2020年1月21日~2021年6月30日)
2019/20赛季，2020年1月21日，哈维尔·埃尔南德斯以769万英镑转会费签约加盟美职联的洛杉矶银河。